1946 m. rugsėjo 1 d. Ignalinoje atidaryta vidurinė mokykla lietuvių dėstomąja kalba (1939-1944 m. Ignalinoje veikė lietuviška pradinė mokykla, 1944-1946 m. – progimnazija). 1993 m. mokyklai suteiktas Česlovo Kudabos vardas. 
    

2002-07-15, įkūrus Ignalinos rajono gimnaziją, mokykla reorganizuota į pagrindinę.Nuo 2003-07-15 Ignalinos rajono tarybos sprendimu prie mokyklos preijungta Ignalinos vidurinė mokykla. Nuo 2003-09-01 prie mokyklos prijungti Biečiūnų, Didžiasalio ir Kazokinės skyriai.Biečiūnų ir Didžiasalio skyriai 2004-09-01 dėl mažo mokinių skaičiaus užsidarė. 2005 m. rugsėjo mėn. neliko mokinių ir Kazokinės skyriuje.Nuo 2005 m. rugsėjo mėnesio mokykloje veikia suaugusiųjų mokymo klasės.
     Nuo 2009-08-31 prie mokyklos prijuntos dvi pagrindinės mokyklos: Ignalinos r. Ceikinių Kipro Petrausko pagrindinė mokykla ir Ignalinos r. Linkmenų pagrindinė mokykla. Jos tapo Ignalinos Česlovo Kudabos pagrindinės mokyklos Ceikinių ir Linkmenų skyriais.

     2009-09-01 duomenimis, mokykloje mokėsi 707 mokiniai, iš jų 678 – dieniniame skyriuje, 29 – neakivaizdiniame. Dar 12 vaikų buvo ugdomi priešmokyklinėje grupėje.

     Mokykloje dirba 72 pedagogai (iš jų 12 metodininkų, 32 vyr. mokytojai), specialusis  pedagogas – logopedas, mokytojo padėjėjas, socialinis pedagogas, socialinis darbuotojas, bendrosios praktikos slaugytojas. Pedagogai dalyvauja mokyklos kaitos procese, dalijasi patirtimi su kolegomis.