Ceikinių seniūnija yra Ignalinos rajono pietuose, centras – Ceikiniai.

Didžiasalio seniūnija yra Ignalinos rajono pietryčiuose, centras – Didžiasalis.

Dūkšto seniūnija yra Ignalinos rajono šiaurinėje dalyje, centras – Dūkštas.

Ignalina – miestas šiaurės rytų Lietuvoje, Utenos apskrityje, 110 km į šiaurę nuo Vilniaus; rajono centras, turi miesto seniūnijos statusą, taip pat yra apylinkių seniūnijos centras, kurortinė teritorija. Pro miestą eina geležinkelis Vilnius-Sankt Peterburgas

Ignalinos seniūnija yra Ignalinos rajono pietinėje dalyje, centras – Ignalina

Kazitiškio seniūnija yra Ignalinos rajono šiaurės vakaruose, centras – Kazitiškis.

Linkmenų seniūnija yra Ignalinos rajono vakaruose, Utenos ir Švenčionių rajonų paribyje. Administracinis centras – Linkmenys.

Mielagėnų seniūnija yra Ignalinos rajono rytuose, centras – Mielagėnai.

Naujojo Daugėliškio seniūnija yra Ignalinos rajono rytinėje dalyje, centras – Naujasis Daugėliškis.

Rimšės seniūnija yra Ignalinos rajono šiaurės rytuose, centras – Rimšė.

Tverečiaus seniūnija yra Ignalinos rajono pietryčiuose, centras – Tverečius.

Vidiškių seniūnija yra Ignalinos rajono viduryje, centras – Vidiškės.